万历四十一年(1613年)，秦良玉丈夫马千乘死于狱中。《明史》记载说，石柱部民状告马千乘，明廷把他逮入云阳狱，不久马千乘病死其中。但他真正的死因，其实是北京万历帝派来的监税太监丘乘云向石柱索取贿赂，马千乘自恃于朝廷有功，不予。这下可羞恼了丘公公，他指使手下捏造罪名，把马千乘逮捕狱，活活折磨而死，时年仅四十一岁。
马千乘冤死于狱中后，朝廷仍保留了他家石砫宣抚史的世袭职位。而这时马家的继承人马祥麟年龄尚幼，朝廷鉴于秦良玉作战有功，文武兼长，所以授命她继任了丈夫的官职。
秦良玉化悲痛为力量，毅然接过丈夫遗留下来的干斤重担，来完成丈夫未竟的事业，继续训练白杆兵，管理石砫民众，尽心尽力，尽职尽责。
1644年，李自成攻入北京，崇祯帝自杀。张献忠领军入川，占领大片地区，杀人无数，建立“大西”政权。只有遵义、黎州及秦良玉的石柱地区未归于''大西''。慑于秦良玉威名，张献忠部不敢入犯石柱。张献忠派人向秦良玉等土司送去封赏印信，各地土司大多畏惧接受。
秦良玉接到印信，马上当众毁之，慷慨言道：“吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱妇蒙国恩二十年，今不幸至此地步，怎能以残余之年以事逆贼!石柱一地有敢从贼者，族诛之!”不久，秦良玉独子马祥麟先前被明廷征调到湖广御敌，战死于襄阳。
