既然如此，李渊为什么不在天下平定之后把李世民与军队分离，为李建成登基扫清障碍，结果却酿成了骨肉相残的惨剧？其实，这其中原因确实太过于复杂，残酷的政治和亲情交杂，偶然有时候就会发生在一念之间。这里面大体有四个原因，李渊在整个过程中也是充满着无奈。
首先，正是因为看中李建成，李渊才没有让李建成像李世民一样四处征战，毕竟战场上风险极大。而李世民带兵时也多次亲自冲锋陷阵，甚至在迎战窦建德追兵时与尉迟恭两人两马断后，对战数万大军。太子作为国家的根本，不应该冒险。这样的情况就导致，虽然很多人才是李建成提拔的，但他们跟李建成的关系不及与李世民亲密，毕竟战场上的战友情血浓于水。
其次，李渊起兵之初，李世民负责在老家征兵，而李建成则负责招募建设国家的文官。从道理上讲，李建成的工作更有意义，因为招募普通士兵的工作所有人都能做，而招募官员和高级人才的工作则让太子去做，这有利于太子未来对国家的掌控。但是这样却给了李世民机会，他在下层士兵心中威望打下了坚实的根基。
第三，封建社会的极端皇权下，虽说即便皇帝也需要考虑亲情，但作为皇帝却又常常六亲不认。李渊虽然要扶植李建成，但也不可能把所有的大权都交给他。自己身边的宰相、大将都是李建成提拔的，如果手下的军队再交给李建成，那万一李建成要造反，自己无论如何要招架不了。所以他在扶植李建成的时候，也要防着李建成，这就导致李建成虽然权力很大，却无兵可用。
第四，在李渊眼里，虽然李世民掌握了部分兵马，但还有一些将领带兵制衡。李建成则掌握国家官吏和经济命脉，因此即便自己百年之后，太子依然能控控制住局面。就如当年王卫尉对刘邦所说，后方负责募兵和组织粮草的人，造反则天下易主，他们的权力非常大。历史上，君王们在辖制在外武将的时候，基本上也都是控制住经济命脉，这样的情况下，就算佣兵百万，也很难轻易造反。
不过李世民的情况却有所不同，假如李建成和李元吉死后，李渊剩下的儿子当中还有能够继承王位的，只怕当时李建成留下来的一众文官和地方上其他的武将联合，消灭李世民也是很容的。所以在李渊看来，李世民手握兵权，本来并不是什么大不了的事情。只是特殊情况连续出现，李世民不仅杀掉了李建成，李元吉也死了，李建成的儿子也全都死了，这样大家无论如何也只能拥立李世民了，最终李渊自己也无奈被逼退位了。
