之后，永乐皇帝不敢违抗玉帝命令，但心里又不是很服气，觉得减去太少，有失皇家身份，便命人少建半间就行，至此，这便有了故宫“半间房”。第二种传闻则是，永乐七年，明成祖以北京为基地进行北征，同时，开始在北京附近的昌平修建长陵。将自己的陵墓修在北京而不是南京，这也证明朱棣已经下定决心要迁都。之后，在皇宫兴建时，朱棣命刘伯温负责此事。
永乐皇帝下令，整座皇宫必须房屋达到九千九百九十九间，刘伯温应允。接下命令后，他前往全国各地采购需要用到的材料，同时，还征召了许多民夫。在这期间，他目睹了底层百姓的艰苦生活，感觉民间如此疾苦，朝廷却还在耗费巨资兴建宫殿，实在是有些浪费。