首先，《天朝田亩制度》确定的政权组织在之前是未曾在中国历史上出现过的，这样就会产生一个弊端，太平天国的政权组织开始统治时无法学习和借鉴。
即使说是向西方借鉴也都是模糊的借鉴，是没有细节分配的，这样也导致了后期各个天王之间的矛盾和斗争，以至于内讧，就可以从内部分裂太平天国了。
这是政权组织一个非常大的局限性，那就是没有可借鉴的对象，只能跟随着当时的封建时代发展，不能有真正的创新。
其次，《天朝田亩制度》确定的政权组织是围绕着天王的政权组织体系，这就有一个很大的问题。洪秀全在位时，他就是天王，但是洪秀全也是农民出身，即使是在了解到西方的部分思想之后，洪秀全仍然还是一个农民思想，只不过这个农民思想加上更多的理想化和空想化。
而这样的理想化建设在太平天国初期确实是一个非常好的引人加入的设想，但是一旦真正跟着这种理想建设发展后，农民本位思想的缺点就会被放大得越来越明显，进而引起社会的动荡。
根本大法确立一个这样内在局限性非常大的政权组织，在法治建设上绝对不是好的选择，但在当时确实是最好的选择，这也就意味着太平天国并不会存在很久。
因为当时的政权组织上从法治视角来看，局限性非常大，且这是时代带来的局限性，几乎是不能消除的，所以太平天国只繁荣了一段时间，就开始走向下坡路了。
