李靖当即采纳了侯君集的计策，率兵轻装深入。伏允可汗见唐军火速赶来，大吃一惊，尚未交战，便逃入沙漠。随后，李靖将大军分成南北两路，一路由自己亲自率领，一路由侯君集率领，两路大军合击伏允可汗，结果大败伏允可汗，灭掉了吐谷浑。
紧接着，侯君集又奉命讨伐西域的高昌国。在屠灭高昌国期间，擅自发配无罪之人，又私自掠夺财物，结果被朝廷发现，被下狱治罪。
侯君集自认功勋赫赫，没想到却因为一点钱财而被下狱！尽管后来被释放，但却心生怨恨。
太子詹事张亮被任命为洛州都督时，侯君集故意激怒张亮说：“你怎么会遭到排挤呢？”
张亮回答说：“是你遭到排挤，你还想冤枉我呢！”
侯君集接着说：“我替陛下平定一个国家，没想到班师回朝后却惹得陛下龙颜大怒，谁说不是遭到排挤呢！”然后，他撸起袖子，“我快郁闷得活不下去了，你能造反吗？如果可以，我们就一起造反！”
没想到，张亮却将这番话告诉了李世民。李世民却不动声色地对张亮说：“你们都是功臣，而且这些话他只告诉了你一人，如果他死不承认，我们也拿他没辙！”李世民念在侯君集素来有功，所以并没有惩治他，还像什么事都没有发生一样地对待他，甚至将他的画像挂在了凌烟阁。
李世民的恩宠并没有消除他们君臣之间的隔阂，不久，侯君集终于爆发了。
由于魏王李泰咄咄逼人，致使太子李承乾整日惶恐不安，时常担心自己会被废掉，因此生出谋逆之心。
李承乾知道侯君集对李世民大为不满，于是变想拉拢侯君集一起发动政变，夺取皇位。
当时，侯君集的女婿贺兰楚石正担任东宫千牛，于是李承乾便通过贺兰楚石拉拢侯君集。侯君集得知李承乾想要发动政变，很爽快地答应了，还举起双手对李承乾说：“我这双好手，理应为你效劳！”
