左懋第知道，自己报国的时候来了，面对多尔衮的各种劝降，他严词拒绝，在清朝拿出拜爵封王来诱惑之时，他说：“宁为大明鬼，不作匈奴王。”在墙上，他画了一幅苏武牧羊画，以勉励自己。
弘光元年（1645年）五月，清军南下攻破了南京，弘光政权覆灭，劝降者告知左懋第此事，并劝他投降，左懋第依旧不肯，誓是做“文天祥”，“丹心照汗青”。鉴于左懋第拥有的巨大影响，清王朝加快了对他的劝降活动，多尔衮亲自上阵宴请，洪承畴亲自出面劝解，随后又派了左懋第堂兄左懋泰前来劝降。
对于这位堂兄左懋泰，左懋第有兄弟之情，而且自己曾经将母亲托付过他，也是他给母亲扶柩归葬，所以说，左懋泰于左懋第还有养母葬母之恩。左懋第首先感谢了堂兄的恩情，随后怒骂他判明变节的行为，随后断然与其断绝关系。（后来左懋泰被清廷迫害，全家流放）
劝降不行，清廷撕破了脸，将左懋第押入大佬，酷刑拷打，浸泡于水牢7天，但这些都没能让左懋第屈服。
江南被清军攻下后，全国开始了剃发易服的行动，左懋第的随员之人有人跟着剃了发，左懋第立刻让人杖毙了他，随后被清廷以擅杀人命之罪关入刑部。
