部队携带五个月口粮，按每名士兵配备一个民伕、四匹马的标准，组成庞大的后勤补给队伍；筹备大量防寒防雨器材，另外准备了无数的木材和树枝，碰上沙漠和沼泽，就用它们铺路。噶尔丹到底不甘寂寞。1695年九月，他率领三万骑兵从科布多东进，沿克鲁伦河东下。一边前进，还一边得意洋洋地四处扬言，说：“俄罗斯借了我六万火枪兵过不了几天，你们就会见识到我的厉害！”康熙决定再次亲征。1696年二月，他调集九万人马，兵分三路，分进合击：黑龙江将军萨布素，带领东路军九千多人，越过兴安岭西进，出克鲁伦河，对噶尔丹实施牵制性侧击；抚远大将军费扬古，指挥西路军四万六千人，从归化等地出发，越过沙漠后北上，切断噶尔丹西逃的道路；康熙自率中路军三万四千人，从独石口北上直指克鲁伦河上游。大军约期夹攻，在克鲁伦河一带，歼灭噶尔丹。
当年三月，康熙带领中路军出塞。五月初，经过近六十天的艰苦行军，首先逼近了噶尔丹。由于东路山高路险，崎岖难行，东路军没能按时到达；西边的草地都被噶尔丹焚毁，西路军的马匹没有草吃，只好绕道，也耽误了很长的时间。中路军孤军深入，面临强敌，打，还是撤？康熙果断选择了打。他将中路军分为东西两路，准备夹攻噶尔丹。噶尔丹没想到清军来得这么快，更没想到康熙会御驾亲征。他远远地看见康熙的龙旗和御营大为震惊，无心作战，立即命令部队扔掉庐帐和器械，向西撤退。战机稍纵即逝。康熙立即派人联系费扬古，命令他改变行军路线，迅速赶到昭莫多，也就是今天蒙古国的乌兰巴托南部，设下埋伏，切断敌军的退路。同时派人，运送一部分军粮，支援西路军。他亲自率领精锐的骑兵，连续追击了三昼夜。
