康熙亲自赶到博洛和屯，就是今天内蒙古正蓝旗南部，指挥作战。七月二十三日，康熙因为生病，将部队交给大将军福全指挥，自己返回了北京。由于左路清军更换副将，耽误了几天，右路清军因此孤军深入，与噶尔丹相遇。噶尔丹大军远征，士气正旺，取得了初步的胜利。失败后的右路清军只好向南退却。噶尔丹一见，非常高兴，乘胜追击，长驱直入，渡过沙拉木伦河，进抵乌兰布通，距离左路清军，不过十五公里。
康熙接到报告，立即派人骑上快马，日夜兼程，传令右路军停止南撤，赶来会合左路军，与噶尔丹决战。同时派出一部人马进驻归化城，就是今天内蒙古的呼和浩特，伺机截断噶尔丹的归路。乌兰布通位于克什克腾旗，就是今天内蒙古的翁牛特旗西部。它北靠乌兰布通山，南邻高凉河，地势很险要。噶尔丹已经占领鸟兰布通山，部队背山面水，排列阵势，准备迎击清军。他们绑住随行的万多匹骆驼的蹄子，让它们卧倒在地，把木箱子搁在骆驼背上，再在上面蒙上湿毡，摆成一条如同城栅的防线，称为“驼城”。士兵们躲在驼城里，依托箱垛放枪射箭。清军以火器部队为先导，步骑兵继后，隔河布阵。
