在玄武门之变前，秦琼在军中已经拥有了相当高的地位，但是，这场政变之后，秦琼本人却发生了剧烈的变化。管是太子还是秦王，都想将秦琼拉入己方队伍，而秦琼沙场征战半生，不知见过多少兄弟相杀，所以秦琼谁也没选，决定保持中立。等到玄武门的一战之后，李世民夺得皇位，而秦琼也在之后的十二年之内常年称病。
其实御医已经诊断出秦琼患了病，秦琼一生戎马，负伤不计其数，那个年代流血就只能好好的将养着，没有办法立刻输血，所以秦琼征战时间长了，就变得体虚气若。御医没离开多久，秦琼就因病去世了。那一年正是李世民改年号的第十二个年头，而秦琼其实应该正值壮年。秦琼这一死，李世民虽然深感可惜，但是却也明白了秦琼的意思，几年后封“凌烟阁二十四功臣”时，就将秦琼列为其中之一了。
