湘王朱柏不堪受辱，为保名节举家自焚；齐王朱榑被软禁在南京；代王朱桂被软禁在封地大同。 削岷王朱楩，废为庶人，徙漳州。
由于朝廷削藩激化矛盾，藩王与朝廷开始决裂，此时实力最强的燕王就成了真正的众藩之首，这就是靖难之役的导火索。
朱元璋当国时，恐权臣篡权，规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利，他在《皇明祖训》中说：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”朱棣即以此为由，指齐泰、黄子澄为奸臣，须加诛讨，并称自己的举动为“靖难”，即平息祸难之意。故而靖难之役中朱棣的口号是“清君侧，靖国难”。
朱元璋留给朱允炆的神秘王牌军部队
当年朱元璋早就想到他死后可能会有人谋反，为了预防这样的事情，他专门给朱允炆留下一支神秘的部队，他们便是镇守在云南的30万沐家军。这支军队为什么深受朱元璋的信任呢？
沐家军的首领沐英是个孤儿，后被朱元璋收养，认作义子。他从小就跟随在朱元璋的身边，朱元璋将他看做自己的亲生孩子，教他读书写字，还教他如何带兵打仗。
沐英长大后屡立战功，洪武三年被封为镇国将军，后来又掌管天下兵马，深受朱元璋器重。再后来沐英平定云南之乱，此后一直镇守云南。沐英和朱允炆的父亲朱标是生死之交，他听到朱标的死讯后，十分难过，最后甚至因伤心过度去世了。沐英的儿子沐晟从小也生活在南京，而且深得朱元璋的宠爱，与朱允炆私交甚好，可以说是生死之交。朱允炆继位后，立刻就把沐晟封为侯爷，让他带兵去云南平叛，镇守云南。
