不过，后来遇到了皇帝大赦天下，党人被放了出来，但终生不能再回朝堂为官。后来，党人看到了朝廷陷入了如此混乱的局面，便决定出手除掉宦官一党。不过，后来因为走漏了风声，宦官们便胁迫当时年龄还不大的皇帝，假传圣旨，以此来诛杀党人。
由于，当时领军的将军并不知道这圣旨是假的，便按照诏书上的旨意追杀党人，就这样，很多党人以及家人在这次追杀中死了。即便有侥幸逃脱的党人，其结局也都非常凄惨，所以，最后这次党锢之祸以宦官取胜告终。
第二次党锢之祸发生在汉灵帝时期。大臣陈蕃在第一次党锢之祸当中受到了迫害，不过，因为其与窦太后的父亲窦武关系很好，所以，后来被重新任命为了太尉。当时的汉灵帝年龄比较小，还没有办法亲自执政，政权主要由窦武、陈蕃，以及司徒胡广等人一起执掌，因此，一些有志之士得到了重用。
这在老百姓看来是天大的好事，但却让宦官们看着非常恼火。由于，无法在朝廷上兴风作浪了，所以，不甘心的宦官们开始在窦太后那里想办法：他们利用各种阿谀奉承，游说劝说，怂恿窦太后干涉朝纲，这更为第二次党锢之祸埋下了伏笔。
在陈蕃等人的眼中，宦官就不应该干涉朝政，于是，开始劝说窦太后将包括曹节在内的几个宦官除掉，但是，窦太后始终没有同意。后来，宦官们由于洞察到了他们的计划，便故技重施，要挟窦太后，并假传旨意捉拿陈蕃等人，至此，第二次党锢之祸爆发了。
这次党锢之祸，让陈蕃受害，窦武也被定了一个叛乱的罪名，后因为无法突围，无奈自尽身亡。此外，与窦武关系甚密的冯述等人惨遭灭门，刘淑等人自杀身亡，李膺等士大夫被免去了官职，后又被诬陷致死。不仅这些有直系关系的人遭到追杀，就连曾经有过关联的朋友，或者是收留过他们的人，也都遭到了连累，被终身监禁起来。
可以说，第二次党锢之祸的影响比第一次更大，被牵连的无辜受害者也更多。
