但是颇有城府的祖来留下三封书信，目的是让朱元璋放弃攻打日本，他提到了攻打日本的三个困难——后人说，这些都是刘伯温说的，到底是谁说的呢？我们先来看祖来说了什么？
第一，明朝的军事实力虽然比元朝高，但元朝在日本败得那么惨，说明水军不行，就算明朝对海战驾驭比元朝厉害，但劳师袭远，不一定比日本强。
第二，福建等地擅长水战，都未能完全消灭倭寇，可见明朝也不是能随随便便可以打赢日本的，何况元朝当时因为突然刮黑风，船都翻了，元军全军覆没，所谓上天风云变化莫测，远征困难确实很多。
第三，日本资源匮乏，就算打下来，您也用不着，蛮荒之地罢了，何必做无谓的牺牲？
朱元璋起初大怒，仔细想想，祖来说得有道理，就放弃了出兵日本的想法。
后来朱元璋还把日本列入永不攻打的十五国之一，把它写入《皇明祖训》中，断送了灭掉日本的可能性，也是十分可惜的，话又说回来，老朱要是知道日本以后对他后代子孙采取灭绝政策，当时说什么也会灭了它，可日本当时又穷又弱，老朱也不知道日本后来会这么强大，这么坏，刘伯温自称算无遗策，就算他没有强行让朱元璋放弃攻打日本，他在预测事情上，也是有过的。
不过刘伯温在攻打日本一事上，也有一些谏言的，他说：“日本地狭民多，而且有大海的天险据守，贸然攻打会让明朝损失重大，并且日本资源匮乏，人民缺乏教化，就算我们打下来，也用不着他们，也奴役不着日本的子民。而倭寇呢，也就是来掠夺一些资源，成不了大气候。”刘伯温认为，元朝那么强悍都被日本“神风”灭了，这国家邪乎啊，明朝最好不要去送死了。其实，日本至今还感谢“神风”事件，认为自己是有神明庇佑的。所以，朱元璋最终放弃攻打日本，很难说没有刘伯温的功劳。
