刘备任命诸葛亮为军师中郎将后，没有把他留在身边。《三国志》记载，刘备让诸葛亮到江南的零陵、桂阳、长沙三郡，“调其赋税，以充军实”。《零陵先贤传》记载，诸葛亮到了江南，长驻临烝，此地距刘备常驻的公安有1000多里，日常事务只能由诸葛亮临机处理。诸葛亮在临烝共住3年左右，期间来往于三郡之间，既协调监督三郡的赋税征调，又对地方治理提出建议。
常驻临烝时，诸葛亮手下应该有一支军队。《三国志》等史书没有这方面记载，但民国时卢弼作《三国志集解》，从《方舆纪要》及一些地方志中辑出了一组有关诸葛亮在临烝有关情况的记录：耒阳县有侯计山，相传诸葛亮曾在此憩兵，故也称此地为侯憩山；安仁县有相公山寨，相传诸葛亮曾在此屯兵；黔阳县有诸葛营，相传诸葛亮在此招抚过绥谿洞诸蛮；东安县有诸葛岭，相传诸葛亮曾在此地驻扎过。在以上记载中，耒阳、安仁、黔阳、东安等地分属各郡，除耒阳距临烝稍近外，其他各地均较偏远分散，说明诸葛亮督察三郡期间活动范围很大，同时也说明诸葛亮在此期间常带兵，印证了前面的判断。
后来刘备入益州，留诸葛亮与关羽、张飞、赵云等人守荆州，诸葛亮虽然军职不是最高的，却是刘备指定的总负责人。刘备在益州进展不顺，召诸葛亮前来，诸葛亮又率张飞、赵云等部进入益州，这是诸葛亮第二次单独领兵，一路上攻城掠地，按时到达成都外围，为攻克成都做出了贡献。
刘备去世后，诸葛亮以托孤大臣和蜀汉丞相的身份“开府治事”。当时，蜀汉面临的最直接威胁是南中地区的叛乱。南中大约相当于现在的云南省、贵州省和四川省的西南部，地域广阔，分布着许多少数民族部落，蜀汉在此设立了多个郡国，这里的一些少数民族部落受人挑拨，公开反对蜀汉朝廷。
蜀汉建兴三年（225年）2月，魏文帝曹丕讨伐孙吴，诸葛亮认为机不可失，于是上表后主，决定立即集合大军进军南中。丞相府长史王连向诸葛亮进谏道：“南中是不毛之地，疫疠之乡，不应当由丞相亲自讨伐，作这样的冒险之举。”王连的意思是，此次进军南中情况复杂，打胜了还好说，如果打败了或者无功而返，诸葛亮的威望将受到极大挫伤。诸葛亮当然知道其中利害，但如果自己不亲自去，取得全胜的可能性就会降低，于国家更为不利，诸葛亮仍决定亲征。
