在打扫战场的时候，清军两个士兵在一片瓦砾之下发现了一块石板，翻开一看，下面是一个巨大的地洞，林凤祥和几十个随身将士全部躲在里面，至此，北伐军全军覆没，林凤祥被俘。虽然消灭了北伐军，可对于清廷来说，却怎么也高兴不起来。因为，这是自大清入关定都北京后，面临的最大一次存亡危机。
可以说，咸丰帝对洪秀全、杨秀清等人早已恨之入骨，欲食其肉，寝其皮。而今俘获北伐军统帅林凤祥，自然是要严惩，让天下人看看造反所要付出的代价，也告诉洪、杨朝廷的坚决立场。为此，咸丰下令，不必交部议罪，直接押赴菜市口凌迟处死。
3月14日，林凤祥和他的部将被押解到北京，当天，惠亲王绵愉会同巡防人员对林凤祥进行了质问，林凤祥坚强不屈，面对死亡毫不畏惧，发誓要效忠天王。第二天，林凤祥在菜市口刑场被凌迟处死。太平天国将领被凌迟处死的人大有人在，可不管是林凤祥还是其后的石达开，都表现出一副大义凛然的态度，到底是什么让他们有如此的力量，至今也说不清楚。
我们只知道在清人李桓的《宝韦斋类稿·梦痕记》中详细记录了林凤祥被凌迟的场景，书中对行刑工具、手法以及林凤祥的表现做了详细的描述，似乎就是亲眼所见一般。因为文字晦涩难懂，原文就不列出来了。大意就是说林凤祥受刑时，昂然挺立，毫无畏惧，“刀所及处，眼光直视之，终未出一声”。
林凤祥到底挨了多少刀，这个倒是没有细说，不过可以肯定的是，数量绝不会少，否则也不会连牙齿周边的肉都被割下来了。行刑结束后，林凤祥的这副牙齿作为“战利品”被收入了内务府，珍藏在一个盒子里，直到45年后才重见天日。
