最先被削的是五王之一的周王。因周王是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他与燕王沆瀣一气，于是决定先废周王。刚巧周王次子朱有爋告发父亲谋反，于是派曹国公李景隆以备边之名假装途经开封，忽然下手将周王全家押回应天，废为庶人，迁往云南蒙化（今云南保山）。
明建文元年（公元1399年），削齐、湘、代三位亲王，废为庶人。其中湘王不堪受辱，为保名节举家自焚；齐王被抓回来软禁在应天；代王被就地软禁在他自己的封地大同。两个月后，再削去岷王爵位，废为庶人，迁往漳州。
朝廷不停地削藩，矛盾很快激化，藩王与朝廷开始走向决裂，此时实力最强的燕王自然就成了真正的众藩之首。而朱允炆与朱棣之间的矛盾亦逐渐变得路人皆知。
其实削藩这件事情，表面上看起来是文弱的年轻皇帝，以及身边的书生大臣们不能够掌控制约桀骜不驯的皇叔。大臣们都觉得是朱元璋最初设计的制度终于酿成了大祸。然而，这一切其实还在早已死去的朱元璋计划之内！
燕王朱棣见到几位藩王先后被削，明白如此下去必然无法逃过被削的命运，于是一边争取时间一边做战争准备。
为了争取时间，从建文元年（公元1399年）年初起，朱棣就开始装病，请求朱允炆放三个儿子回北平；之后由于属下被朝廷处死，甚至开始装疯。
