公元1638年，黄得功和熊文灿成功镇压农民军马光玉，被加封为太子太师。公元1641年，张献忠攻占桐城，黄得功与刘良佐合力攻打，张献忠落荒而逃，但马武、王兴国等农民军将领被黄得功擒杀。
公元1642年，黄得功镇守庐州，张献忠在英山、太湖等地出没。黄得功知道后，率军镇压，张献忠此前吃过一次亏，见黄得功前来，不战而逃。公元1644年，黄得功平定叛将刘超，被封为靖南伯。同年，李自成攻破京师，崇祯帝壮烈殉国。
朱由崧被拥立为帝后，黄得功晋为侯爵，与刘良佐、刘泽清、高杰并称为江北四镇。高杰向来有些蛮横，史可法让黄得功驻军仪真，以此牵制高杰。高杰一直嫉妒黄得功才能，在途中设下埋伏，黄得功不知有诈，差点丧命。
此时，黄得功母亲又去世，黄得功无比崩溃，上表朝廷，要和高杰决一死战。史可法知道后，对黄得功说："这件事是高杰不对，现在正处乱事，是将军你争夺天下的大好时机，别为这些事误了天下！"
听史可法说完，黄得功怒气稍减，但自己的军队损失惨重，还是开心不起来。史可法为补偿他，让高杰赔偿他全部损失，又拿出一千两银子为他的母亲办丧事。黄得功见史可法如此亲力亲为，没再追究。
