李渊正值势力扩张之际，求贤若渴，秦琼有能力，也有名气，若能收纳秦琼，天下英雄定会纷纷效仿，都归到李渊帐下，所以李渊对秦琼嘘寒问暖，不仅赏赐他高官厚禄，问秦琼："爱卿可曾吃过龙肉？朕贵为天子，也算是龙了，如果爱卿想吃龙肉，我可以从身上割2将斤给爱卿煮食。"秦琼一听，感动的流下眼泪，发誓这辈子就跟着李渊干了。
后来，秦琼帮助李渊和李世民立下赫赫战功，鏖战宋金刚、收服尉迟恭、激战王世充，秦琼就是李渊最勇猛的战将之一。秦琼投奔唐军之后，大小战斗经历200多次，身上遍体鳞伤，但从未后悔过，因为李渊以"国士"待之，他就要以"国士"来回报李渊。后来，李建成和李世民兄弟相争，都想拉拢秦琼，但秦琼效忠的，始终是李渊。
所以，秦琼虽然战功赫赫，但在李世民登基后，秦琼却很少再有战绩，秦琼虽然有开疆辟土的大功劳，在贞观年间没有大作为，所以在凌烟阁上排名靠后。也有人说，贞观年间，秦琼为了自保，只能连续12年"装病"，最终保住了家族，也保住了身家性命。
