祖大寿从大凌河脱困之后，他的军队向南进军，与孔有德作战。孔有德哪里是关宁铁骑战士的对手，很快就被祖大寿打败了。没有出路的孔有德不得不去后金，吴桥兵变以明军的胜利告终。
在吴桥兵变的时候，明朝和后金已经交战了好几年，袁崇焕依靠红衣大炮将后金的军队赶出山海关。叛军将领孔有德率领一群叛军一路连下山东的好几个城市，使得明朝不可能袖手旁观，所以关宁军被派去镇压他们。在祖大寿和张韬的镇压下，孔有德在沙河被击败，孔有德不顾一切，不得不向后金投降。
根据孔有德和耿仲明写给皇太极的投降书中称，他有“数万名士兵、数百艘独木舟、大炮和火器”。也就是说，叛军给后金带来了大量明代火器，极大地改善了后金军队的装备，从而失去了明朝在火器方面的优势。然而，后金入关后，一路南下，依靠这批来自孔有德的火器。
从战略上来说，吴桥兵变影响了后金和明朝之间的局势。最初，明朝依靠东江来控制后金的后方，但是在吴桥兵变后，山东腹地被叛军蹂躏，登州的局势完全崩溃，因此，本质上，东江的控制作用已经丧失，只留下一个脱离海关的关宁铁骑战士支队。
清军入关后，孔有德、耿仲明等人成为清军的爪牙，沿途占领了南明的许多城市。孔有德在许多平定江南和清理西南的战役中发挥了决定性作用。但是，当孔有德与南明的军队交战时，他被南明的名将李定国击败，并在桂州自焚。
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