玄武门之变前，李建成和李世民都想拉拢秦琼，秦琼戎马半生，早就看透了兄弟厮杀，他没有帮助任何人，而是保持中立。这场兄弟阋墙之争，最后李世民完胜，李世民登基后，秦琼开启了他长达12年的装病生涯，李世民曾经开玩笑地问秦琼：秦将军，你怎么老是生病啊？秦琼回答说：我戎马半生，经历大小战斗200多次，身上流出的血液都够洗澡的了，怎么会不生病呢？
李世民时期，尉迟恭、李勣等人纷纷战功赫赫，秦琼则一味称病，有一次，李世民派太医来给秦琼看病，秦琼咳嗽半天，太医给秦琼带来良药让秦琼之子秦怀道去煎煮，等太医刚走，秦琼立即对儿子说：快把药倒掉！秦琼并不是担心李世民会害他，而是自己根本没病。贞观12年，秦琼真病了，并且很快病逝。5年后，李世民把秦琼的画像挂在凌烟阁上供奉，只是位置却在最后一名，因为在李世民看来，秦琼有功，但功劳都在李渊时期，李世民登基以后，秦琼贡献不大。
其实，李世民的看法很对，秦琼的富贵，都是李渊所赐。他的爵位和官职、他的家族荣誉都是李渊所封赏的。秦琼的一生，都是忠于李渊的，秦琼之所以连续“病”了12年，是因为他知道，经过玄武门之变之后，自己在李世民心中，永远是个前朝旧臣。但这种旧臣，有何不好？爵位有了，家族荣誉有了，只有这样病着，才能真正的安全。
