朝堂上的是非、观点之争，在党争之中，逐渐演变成了单纯的互相倾轧、排挤，只要是对方的成员，都必须打压。这也就失去了不同团体之间，相互监督，相互制衡，共同发展的作用，仅仅是为了“争而争”。
期间，除了京察之外，还伴随着“国本之争”、“梃击案”。万历死后，泰昌帝仅在位不足一个月，又发生了“红丸案”和“移宫案”。东林党人和非东林党人之间，借用这些案子，大肆制造声势，党争也是愈演愈烈。
不过，幸运的是，万历在位期间，长期身居内宫，对大臣之间的争斗，也是听之任之。朝中的大臣，纷纷辞职、罢官，造成了大量缺员。而万历是死活不肯发放新的任命状。这也导致缺员最厉害的时候，一个部门竟能缺员三分之二以上。甚至是内阁，都可以出现无人值守，或长期仅有一人的状况。正是万历的“不作为”，让党争变得虽然激烈，却并不惨烈。
但是，当泰昌帝匆匆一别之后，著名的“小木匠”皇帝天启帝即位，党争也开始滑向了深渊。
小木匠皇帝非常宠信大太监魏忠贤，致使魏忠贤大权独揽，权势熏天。而东林党的敌对者，如同发现了新大陆一般，纷纷向魏忠贤靠拢，形成明末有名的另外一大派系，阉党。
可能在我们通常的印象中，阉党的人应该都是太监呀。其实不然，凡是反对东林党，并投靠了魏忠贤的，包括朝廷大员，都统称为阉党。
东林党主张限制宦官权力，惩治阉党的贪赃枉法，特别是东林党主张废除矿税，召回矿监，这就触及了魏忠贤及其阉党的利益。于是，魏忠贤开始了对东林党的残酷清洗。
