人们痛恨东林党，要从大明朝的灭亡说起。而明朝的灭亡，是由很多因素汇聚在一起造成的。其中，一个比较重要的原因，就是明末的党争。而党争又“始于东林”，东林党从此背负了明朝灭亡的责任，才导致有人开始痛恨东林党。
另外，东林党人虽然多数是有抱负，有理想，有气节的文人，却也并非全部都是。颇有一些打着东林党的旗号，伺机渔利者。比如，那位还不如青楼女子的明末著名大儒，著名的东林党人，钱谦益。原本说要投江殉国，结果刚洗了个脚趾头，哎呀水凉，转身就投降了满清。这些人的存在，也败坏了东林党的名声，让一部分开始厌恶东林党。
东林党的正式形成，始于顾宪成。他原本是吏部的一名小官，在国本之争（万历年间立太子之争）中反对万历，导致万历不满。后来，在推荐内阁首辅时，又推荐了万历厌恶之人，随即被革职回乡。
顾宪成返乡后，和在家赋闲的高攀龙、钱一本一起，重新修葺了荒废已久的东林学院，开始讲学。东林学院一开始就与众不同，在讲授儒家经典之余，还在宣扬他们对社会的一些主张。
他们希望进行制度改良，减轻税赋，重视农业和工商业发展，改善民生。同时，主张停止征收百姓早已深恶痛绝的矿税，召回矿监，并且加强辽东防务等等。这些观点，得到了朝野众多人士的拥护。东林学院很快成了一个舆论中心，而那些加入讨论的人，则都自认为是东林党人。
在朝堂之上，东林党人开始借助在吏部的实力，排挤非东林党大臣。由于东林党势大，非东林党人纷纷抱团取暖，也试图倾覆东林党。一开始，两大派之间，互相倾轧的重要手段就是争京察。所谓的京察，即官员的定期考核，称职者得到晋升和奖励，否则就会被处罚或革职。
