不过，文明如此强大的玛雅族却突然失踪了。根据现在的调查，很多专家认为当时的玛雅人突然弃城离去，放弃自己的主城，使得玛雅文化一步步走向崩溃。因此，很多学者都想要弄清楚玛雅人弃城的原因。近年来，最引人注意的就是''生态危机''。玉米农业是玛雅人赖以生存的基础，因此玉米影响着玛雅文明的繁荣。
可是当时的玛雅农民却没有充足的农业知识，使用非常极端的方法种植玉米。先将所有的树木伐倒，焚烧，以木灰养土进行下一次种植，每烧一次就种一次。原本会留有一到三年的时间休耕，可是随着人口的激增，人们只能缩短休耕间隙，使得土地承受了巨大的压力，玉米产量也越来越差。