50岁生日过后，西苑“三海”开始兴修，在原有基础上，新建了仪鸾殿。1888年，仪鸾殿完工，慈禧太后迁居此处。她在这一年做出了归政光绪皇帝的姿态，搬出紫禁城也是一个离开权力中心的意思。同年，光绪皇帝下旨，要求将被英法联军焚毁的清漪园加以整修，更名为颐和园，以备太后归政后居住。
但问题在于，慈禧太后有归政之名，并无归政之实，她依然操纵着朝政。她在仪鸾殿召见大臣、阅览奏折，光绪皇帝也要常常过来请示机宜。这一阶段，仪鸾殿架空紫禁城，成了大清帝国实际上的政治中心。
1889年，光绪皇帝大婚之后，慈禧宣布退居颐和园。此后，她每年夏天居住颐和园，冬天回到储秀宫或西苑仪鸾殿，偶尔在颐和园过冬。
1894年，慈禧太后60岁大寿之际，她再次调整在紫禁城内的住所，选择修缮乾隆皇帝为做太上皇而建的宁寿宫作为她新的寝宫。这一举动目的很明确：我虽然不能搬到乾清宫、养心殿等皇帝的宫殿，但是住到宁寿宫也堪比皇帝的身份地位。十月初十生日当天，她就在宁寿宫乐寿堂接受了皇帝和百官的跪拜。
