朱德率领的这“部分兵力”，是十一军二十五师和九军教育团，共计四千余人。三天三夜的阻击伤亡很大，撤出三河坝时剩两千多人。本想去寻找主力，路遇溃败下来的二十军教导团参谋长周邦采率领的二百余人，方知起义军主力已在潮汕地区失败，起义诸领导人都已经分散隐蔽分头撤离了。
局面困难且严峻。在三河坝完成阻击任务时，真正是朱德带出来的九军人员已经没有几个人了。基本力量是周士第任师长的二十五师，还有周邦采带回来的部分二十四师人员。这支孤军与上级的联系全部中断，四面又都是敌人，自己也损兵过半，思想上组织上都相当混乱。
到底怎么办，只能由临时负责的朱德做出决断。
朱德就是在这个非常时刻，面对这支并非十分信服自己的队伍，表现出了坚强的领导能力。
在商量下一步行动方针的会议上，少数同志觉得主力都在潮汕散掉了，三河坝这点力量也难以保存，提出散伙。朱德坚决反对解散队伍。他提出隐蔽北上，穿山西进，去湘南。
这真是一个异常严峻的时刻。没有基本队伍、说话没人听、不过把他作为一个老同志尊重的朱德，接过了这个很多人已不抱希望的摊子。他通过异乎寻常的执着和坚定，为这支困境和混乱中的队伍指明了出路。
茫然四顾的人们，听从了他的话。
10月16日，队伍走到福建武平，还有2500人；17日击退追敌，便剩下1500多人了。到达闽赣边界的石经岭附近的隘口，朱德亲率几个警卫员从长满灌木的悬崖陡壁攀缘而上，出其不意地在敌侧后发起进攻。粟裕回忆说：“当大家怀着胜利的喜悦，通过由朱德亲自杀开的这条血路时，只见他威武地站在一块断壁上，手里掂着驳壳枪，正指挥后续部队通过隘口。”
但局面不会因一两场战斗而改变。情况仍在继续下滑，谷底在赣南安远的天心圩。
当时已近冬天，官兵仍然穿着单衣，有的甚至还穿着南昌起义时的短裤，打着赤脚，连草鞋都没有。虽然摆脱了追敌，部队却常常受到地主武装和土匪的袭击，不得不经常在山谷的小道上穿行，在山林中宿营。
同上级党委的联系没有恢复，饥寒交迫，疾病流行。无处筹措粮食，官兵常常饿肚子。缺乏医疗设备和药品，伤病员得不到治疗。部队的枪支弹药无法补充，人也很疲乏，战斗力越来越弱。杨至诚上将后来回忆当时那支队伍的情况时说：“每个人都考虑着同样的问题：现在部队失败了，到处都是敌人，我们这一支孤军，一无给养，二无援兵，应当怎样办？该走到哪里去？”
走到江西安远的天心圩，从师、团级主官开始，各级干部纷纷离队。一些高级领导干部，有的先辞后别，有的不辞而别。1927年12月22日，七十五团团长张启图在上海向中央写了一份《关于七十五团在南昌暴动中斗争经过报告》，描述部队到达天心圩的状况时说：“师长、团长均皆逃走，各营、连长亦多离开。”
南昌起义军在部队中除各级军事主官外，军、师两级设有党代表，团、营、连三级设有政治指导员。这一健全的军政领导体制到1927年10月底在江西安远天心圩最后崩溃。师以上军事领导干部走得只剩下朱德一人，政工领导干部则走得一个不剩。团级军事干部只剩下七十四团参谋长王尔琢，政工干部只剩下七十三团政治指导员陈毅。
