公元649年李世民驾崩之后，玄奘本以为新上任的皇帝可以放过他，可是谁知唐高宗却信奉道法，无论是从政治角度还是道德信仰上面，皇帝是绝对不允许他自己研究佛法，宣传佛法的，因此他的生活比先前更惨，之前还允许他在皇室寺院内活动，到了唐高宗时期他只能被限制人身自由，甚至都不允许他私下翻译经文。
玄奘十几年风餐露宿跋山涉水的生活，上了年纪后的身体越来越差。加上常年不休翻译、撰写很多书籍，劳累过度，于是一代高僧于麟德元年（664）亡故，甚前死前得病也得不到治疗（皇室派出的御医在他死后2天才到）。
他死后，皇帝宣布西行带回来的佛经翻译工作随之结束。所以取回来的经书大部分实际都没有翻译完，而且在他离世后居然也没有人出面为他撰写塔铭墓志，可以想象到不被重视的程度。
玄奘死后的第五年（668），唐高宗下令发棺迁葬玄奘墓于偃师市缑氏镇时，竟也没有命人为他树碑立传。
