截止到2012年的考古发掘，在54座房址中发现了8座房址的居住面上有大量的人骨。考古学中对不同的遗迹用不同的字母来表示，比如上房子，就用F来表示，字母后面往往带有数字，数字表示遗迹的编号。比如F40，表示的是在这次考古发掘中编号为40的一座房子。这里想说的就是这座房址，F40的室内面积仅有18.5平方米，并不大，但是在居住面就发现了97具人骨，根据研究者的描述，因为人骨层叠累积，为了保持原貌，仅能统计能够看到的人骨数量，也就是说，这座房子里，可能死亡的人数比统计的更多。考古学家对这座房子内人骨的姿态进行了统计，发现，人骨头向各异，并没有明显规律，在一些位置，可以发现大量颅骨聚拢在一起的现象，并且，在房子门道附近，骨架的数量最多，人骨相叠，多达三层。其它几处房子内部的情况大体相似。
F40人骨堆叠情况
考古学家相信这样的现象，并不是简单的“居室葬”，而是一次短期内的非正常死亡。而能够造成这样非正常死亡的原因，大概包括聚落争斗、人殉、自然灾害、瘟疫等几种。于是考古学家对哈民忙哈遗址的人骨进行了统计，想找到他们死亡的原因。
首先排除的是自然灾害的影响。在考古学家发掘过程中，并没有发现淤土、水渍层等堆积，说明了不太可能是洪水导致的群体死亡，同样，在附近也灭有发现地震形成的断层等现象，也排除了来自地震的原因。
其次排除的是战争的影响。通过对哈民忙哈人骨的观察，并未发现明显的肢解、创伤、钝器砸击等痕迹，找不到杀戮行为造成群体死亡的证据。
最终，考古学家将人群死亡的原因投向了瘟疫。根据与聚落同时的墓葬分析来看，在12座墓葬中，有10座墓葬的人骨的下肢被折于胸前，这可能是一种特殊的葬俗，与墓葬中的人骨不同的是，死亡于房子中的人骨姿态各不相同，并且有层叠现象，而且越靠近门道位置，人骨层叠现象更明显，有些房子还有烧毁的痕迹。因此考古学家推测，在灾难发生之初，人们尚可将死者正常埋葬，但随着灾难愈演愈烈，人口死亡越来越多，只能利用房子来放置尸骨了，到了后期，死亡人数暴涨，人们将尸体拖入房子，并且越靠近门道，堆积的越多，最终哈民忙哈的居民在较短的时间内相继死亡，出于恐惧和求生，少量存活的人背井离乡，并焚毁了放置尸体的房子，让逝者安息，也想让灾难消失。
