面对这样的溃败，日军大本营却选择性地忽视了两军之间实力的差距，仅仅是把失败的原因归为准备不足。此时适逢台风侵袭，飞机难以起飞，大本营认为失去了空中支援的美军在地面上根本打不过日军。为此，日军又偷偷地向岛上输送兵力，莱特岛南部一带的日军一度达到7万人。有趣的是，就在此时天气突然好转，美军也恰好破获了日军密码，察觉到了日军的动向，一举出动347架轰炸机进行饱和式轰炸。日军死伤惨重，仅淹死的就多达万人。2个月后，美军以3500人的伤亡全歼日军，有“玉”师团之称的第一师团几乎全军覆没，只剩下了743人幸存。
经此一役，大本营终于意识到莱特岛讨不回来了，日军便将重心转移到吕宋岛上。实际上，日军在吕宋岛的遭遇跟莱特岛差不多。美军攻击吕宋岛时投入了数百艘军舰，把整座岛团团包围。日军在美军凶猛的火力之下溃不成军，残余部队只能化整为零躲进丛林，企图用惨烈的伤亡拖垮美军。日本人大概没能想到，看似富饶的热带丛林成了他们的人间地狱。
日本兵最初到处寻找吃的，但随着资源的慢慢耗尽，他们又重新陷入了饥饿。最防不胜防的是瘴气和传染病，不少日本兵被各种各样的热带流行病折磨得苦不堪言，尤其是一种名叫“回归热”的疾病，得了这种病的日本兵先是发高烧，几天后突然好了，接着又会发烧，不断反复，周期越来越短，直到一命呜呼。美军也不急着消灭日军，而是把雨林严密封锁。日军想要突围却无能为力，只能在丛林里忍受折磨。
