1894年7月，日本挑起甲午战争。10月，大寺安纯以第一师团参谋长的身份率领日本陆军分两路入侵中国东北。此前，清军刚刚在朝鲜被日军击溃，而在海上作战中，北洋水师也遭到日本舰队重创。连败两阵之后，清军正是士气低落之时，加之内部士兵素质低下，武器装备落后，因此根本不是日军的对手。一路日本陆军轻松突破了日军鸭绿江防线，连续占领九连城，安东，海城等地。而大寺安纯所在的其余日军也一路攻克金州、大连等地，并在12月份攻占了北洋水师基地-旅顺港。
攻占旅顺后，日军兽性大发，随即以城内平民为目标，对旅顺展开了长达四天三夜的屠杀活动，上至耄耋老人，下至孩提婴儿，都没能避免被日军屠杀的命运。一时间，城内尸横遍野，哭嚎声不绝于耳，旅顺瞬间成为了人间地狱。事后统计，除了负责掩埋尸体的36人生还，其余2万旅顺居民均未能幸免，全程几乎被屠戮殆尽，这一事件史称"旅顺大屠杀"。而下达屠杀命令的人正是这个大寺安纯。因为大寺安纯的"突出"战绩，他被晋升为少将，而此时，他的死期也快到了。
1895年1月，大寺安纯被调入日军步兵第十一旅团任旅团长，该军属日军第六师团，负责从陆路攻占威海卫，以配合日本海军消灭仍守在威海卫军港内的北洋水师余部。日军一路突破清军层层抵抗，于1月29日到达威海卫军港。30日清晨，大寺安纯所在的第11旅团作为主攻部队对清军防守阵地发起猛攻，以求夺得炮台火力点。
