1992年，阿尔坎在米洛什维奇的支持下，当选为塞尔维亚国会议员，并被委派为驻科索沃省的特别代表。在治理科索沃期间，阿尔坎以铁腕统治出名，他曾对当地阿尔巴尼亚人说：“如果你们不喜欢塞尔维亚统治的话，那么就翻过山马上滚开这里，山那边就是阿尔巴尼亚！”在阿尔巴尼亚人眼里，阿尔坎是个面目狰狞的极端民族主义分子，但在塞尔维亚人眼里，他却是个维护民族利益的民族英雄。
1993年，塞尔维亚议会选举，阿尔坎全力向议会发起冲击，花费了巨额竞选经费，但他领导的塞尔维亚统一党却没有能够获得一个议席。阿尔坎一气之下，干脆从此退出政坛，但西方世界却一直不愿放过他。1997年，海牙前南国际战争法庭通缉阿尔坎，说他犯有反人类罪行。在北约对南联盟轰炸期间，曾袭击了贝尔格莱德一家旅馆，因为侦查到那儿是阿尔坎大本营，但是没有伤着他的一根汗毛。不过此后，阿尔坎从公开场合消失得无影无踪。
2000年1月15日，阿尔坎在一家饭店被不明身份枪手打死，脸部被打了个稀巴烂。但案发直到今天，他的死仍然是个未解之谜。阿尔坎遭遇不测的消息传出后，引起国内外的强烈反响。许多塞尔维亚人为之痛惜，深感震惊和迷惑不解。在波黑，许多穆斯林人对于他的死亡却感到欢欣鼓舞。主导轰炸南联盟的美国国务卿奥尔布莱特反应是：“我们对阿尔坎的死并不感到满足，因为他逃脱了国际法庭的审判，他本应受到正义的审判。”
