作为核心骨干，冯百芳全程参与了我国"六五"至"九五"国家科技攻关项目，取得了丰硕成果。尤其在乙型肝炎血源疫苗的研制、临床预防效果观察及母婴传播阻断等关键领域，她做出了卓越贡献。她曾先后荣获卫生部及国家多项科技成果奖。1996年，因在"八五"攻关中的突出贡献，获评"八五"攻关先进个人。
冯百芳是我国肝炎免疫学检验和乙肝疫苗接种事业的先驱。1973年8月，她与陶其敏教授等共同成功研制出中国第一套乙肝表面抗原免疫血凝法检测试剂盒，开启了中国肝炎免疫学检验的新纪元。1975年7月1日，她再次与陶其敏教授等携手，成功研制出中国第一支"乙型肝炎疫苗"，推动中国迈入有效预防乙肝的全新时代。
