在京师内外，和珅名下各处产业也被同时抄查。江苏、浙江、直隶、山东、京畿、山西等地诸多庄园、房产、矿权、茶庄、店铺、盐业、票号、典当店等，纷纷被当地督抚、按察使、道台查抄，遣员抄交京廷。朝中各部交叉检验账目、迁移赃物、移仓封库。很多旧有经营与借贷合同被翻查，有的旧票据被追回缮写，有的典当契约被收回。
和珅家产查抄的规模巨大，参与人员众多。京城之内，他的宅第、附房、庭院、库房都被管理者分成若干区域，编派队伍轮班检查。官员夜宿其府，昼夜巡查不止。凡可见之物，无不被点验。典当票据、借贷凭据、矿权契约、地产契约、店铺租赁契约、票号股份、茶庄账本等均详细登记。程序中，户部监员、财务审查官、库银监督、印署官员、造办处人员、造币匠、测量员、工匠、拆修匠、押库丁、官吏都投入一线。
抄家持续多日，赃物逐步集中移往特设库房。构建临时银库、金库、宝物库、账册存储库等。所有查抄物件装箱、贴签、编号、封印、押运、造册。户部、内务府、御前机构协调交接。朝廷颁令禁止人员擅移、私藏、截留。整个京师随之陷入巨大紧张与监控态势。
密室开封
查抄进入深层阶段，内务府清查组在和珅府中勘验地基、后宅、暗道、夹层、楼阁、藏室、箱底、夹墙。房契柜、银库、票号箱、宝物阁全数拆检。工匠奉命进府，拆门拆地，撬木板、探墙根、起砖瓦。玉器金饰堆积如山，账册中不见之物不断出土。
有内务府记录称，府中珍品以宫廷规格陈设，所藏珠宝数以千计。红珊瑚顶、七宝嵌玉盒、象牙画屏、和阗白玉碗，皆为宫中珍品款式。其府中厨具、屏风、案几，亦见乾隆年间御制题款，源自宫中。
库中金银器皿整列堆叠，绸缎成匹，皆系贿得或偷换之物。押库人按类标号，盖印编册，开封称重。纸币、银票、借据、典当契书被卷成册，装匣送户部登录。
抄家官曾调配水工、土匠、拆卸工近百人，轮流分班作业，查至夜半不止。房梁下藏银、地板内藏契、墙壁夹层嵌有金条等情节，多次出现。虽无明确"皇帝命人凿墙"之圣旨，但内廷确曾调派官匠入内务府，开检密藏，未放过一砖一瓦。
除此之外，和珅在外京诸府亦被派人搜查。河北、江南、山东、苏杭等处和府旧庄园，田契地亩，亦被一一查抄。江南和府茶庄，曾上缴黄金千两、典契数百份。苏州票号交出银票三千张，市价折银万两。
查抄组调阅各地钱庄账目，与库中票据交叉对账。若有重叠，即刻冻结账户，责令交银清算，账房主事亦牵连受讯。这场抄家，不止是刑事清算，更是一次财政动员。
封库结案
赃银入库，抄没告成。嘉庆帝亲批赃银去处，三成充北路军饷，两成拨京营卫所，三成留作内库整修宫殿之用，余下作为盐政、漕运等应急备用金。银锭封藏，编号造册，集中运入户部特库。赃物中的金饰、玉器、瓷瓶、珐琅、宫扇、紫檀等高等物件，送入内务府造办处，归类上缴。
涉及人员另行清理。和珅党羽及管家、账房、书吏被分别送交刑部、都察院问讯，供出赃流路径。部分重犯被发配宁古塔、伊犁、云南边疆。丰绅殷德虽为皇婿，也被褫夺亲王之爵，禁足府中。和珅子侄、姻亲、门客，皆有处分，或革职，或罚俸。
乾隆帝所赐诸多赏赐品，由嘉庆帝召回、统一登记处理。凡为御赐原物者，若有保存完好者，命造办处校验收回；损坏物则就地登记，销毁不议。乾隆年间颁发之私印、批书、手谕，凡为和珅持有之副本，全部上交御前房封存。
至1799年年末，查抄完结，抄单封卷，赃物入库。嘉庆帝令将和珅案定为"贪墨成灾、欺君犯上"，不再复查。军机处、内务府、户部、刑部、都察院将卷宗归档，存入皇极殿左库。此案成为清代贪腐查抄制度中最典型的案例。
整个清查过程持续数月，参与官员超过七百，调动工匠五百，府库所缴钱物为清代抄家之最。
和珅从权极一时到赐死府中，从执掌财政大权到赃物满屋，从万人之上到入狱被诛，一切崩塌于短短数月。查抄之中，虽无圣旨明言"凿墙"，但嘉庆帝的清算手段、追赃力度、彻底性早已超出寻常贪案。
在这一年，北京城中人传语不断。有说银锭藏于地基，有言珠宝嵌于柱心。锤子终未缺席，密室确曾开启。真假之间，不止宫廷史书有笔，坊间也自有回响。
