朱由检对于这些议论始终持中立态度，直到后来，后金军从中插手，才彻底让他对袁崇焕产生了疑虑。袁崇焕与后金军作战多年，皇太极深知其威胁，认定只有除掉袁崇焕，才能确保后金军入侵的胜利。皇太极的眼线向他传递了消息，称朱由检与袁崇焕之间已经结下了深刻的嫌隙，且正在酝酿将袁崇焕治罪。皇太极冷静思索后决定，借朱由检之手，彻底除去袁崇焕这个明朝的大敌，遂在外界散布关于袁崇焕与后金军勾结的谣言。
朱由检听到这些谣言后愤怒异常，根本不给袁崇焕任何解释的机会，立即将其逮捕。与此同时，曾经魏忠贤的余党看到了报复的机会，借机上奏，要求处死袁崇焕。指控他的罪名包括与后金军勾结、以及擅自处决毛文龙。毛文龙曾因不敬袁崇焕而被其杀害，但这一行为朱由检并不满，因而对袁崇焕的罪行更加愤怒。几项罪名合并后，袁崇焕被判处凌迟极刑，而他的家族也被流放至遥远的边疆，家产被没收。令人震惊的是，当时的官府在抄家时竟然发现，袁崇焕身居高位，却家徒四壁，甚至连多余的金钱都没有。
在《石匮书后集》一书中记载，袁崇焕的死刑在京城西市执行。凌迟之刑是一种残忍至极的酷刑，行刑者用刀慢慢割下袁崇焕身上的肉，经过三天三夜的折磨，袁崇焕终于死于非命。令人发指的是，京城的百姓竟然将他割下的肉拿去生吃，满怀怨恨地亵渎这位曾为明朝捧心力战的英雄。直至袁崇焕的尸体只剩下白骨时，百姓才停止对其的侮辱。
然而，袁崇焕的冤屈，直到乾隆帝时才得以平反。乾隆帝为他洗清了冤屈，世人才重新认识到袁崇焕的英勇事迹。一个为国捧心的英雄，竟然在生前遭遇如此不公的待遇，实在令人唏嘘。
