在港澳地区同样出现了新冠病毒流行趋势。5月8日，香港特区政府卫生署卫生防护中心发布《2019冠状病毒病及流感速递》，截至4月19日，新冠病毒检测阳性率从4周前的1.71%上升至8.21%。4月27日至5月3日的一周，化验所新增带有新冠样本数量为972个，较前一周增加134个。同期，有31例涉及新冠的重症及死亡个案，较前一周增加近1倍。5月4日至5月7日，香港每天新增新冠阳性样本131至199个。
5月12日，香港特区政府卫生署卫生防护中心通报两宗儿童感染新冠严重个案。该中心表示，本地新冠病毒整体活跃程度持续上升，呼吸道样本检测阳性比率和污水病毒含量，超越过去一年的最高水平。另外，污水监测数据显示，XDV在本地的流行率有上升趋势。由于XDV是一种与JN.1相关的变异病毒株，因此目前使用的新冠疫苗仍能有效预防。最新资料并未显示XDV会较JN.1引致更严重疾病。
5月13日，澳门卫生局披露，流感样病人检出新冠病毒的阳性率今年自2月下旬开始上升，3月中旬达高峰（第12周阳性率为44.3%），期后逐渐下降，目前近三周呈现波动，第17、18、19周的阳性率分别为12%、17%、11%，显示曾轻微回升。总体来说，本澳新冠病毒近期仍处于较活跃水平。
值得注意的是，港澳地区此次流行的毒株均为XDV毒株。去年5月，中疾控在全国新冠感染疫情情况通报中首次提到XDV变异株，将已监测到的新冠病毒JN.1变异株分出XDV等47种亚分支，并将XDV单独命名和统计。去年7月左右，XDV变异株就已成为当时的优势毒株。
今年5月12日，北京朝阳区疾控中心发布的健康提示提到，目前该区域新冠病毒活动呈上升趋势，但未超过2024年峰值，流行株以NB.1系列分支为主，致病力未见明显变化。该流行株NB.1系列分支同样属于XDV变异株的新分支。
病毒学专家常荣山对界面新闻记者表示，NB.1系列分支可能会成为未来的流行株，不过，致病力相较此前的毒株继续下降，不会导致比JN.1变异株流行时更严重的疾病，住院人数也不会超过JN.1流行时。
