在拥有一支兵马后，刘元进占据吴郡，自称天子，朱燮、管崇都被任命为尚书仆射。刘元进并任命百官，毗陵（今江苏常州）、东阳（今浙江金华）、会稽（今浙江绍兴）、建安（今福建建瓯）等地的很多豪杰之士都把地方官吏抓起来，以响应刘元进。诚然，刘元进的实力得到壮大，但是，贸然自称天子，无疑会让自己成为其他人的集火目标，这暴露出刘元进的短视问题。
三
大业九年（613年）十月，隋炀帝杨广得知刘元进起兵的消息后，命令左屯卫大将军吐万绪、光禄大夫鱼俱罗率兵前往讨伐刘元进。 大业九年（613年）十二月，刘元进率兵进攻丹阳，吐万绪率兵渡江将刘元进击败。对此，刘元进把木栅栏连接在一起来抗拒吐万绪，双方相持百余日；吐万绪发起进攻，刘元进的部众大乱溃散，死者数以万计。
面对隋朝的精锐士卒，刘元进率领的乌合之众难以抵挡。吃到败仗后，刘元进、朱燮只身逃脱，也即其部下基本上都被消灭了。不过，尽管鱼俱罗与吐万绪一起行动，战无不胜，但是百姓响应造反的人越来越多。刘元进溃散后又聚集在一起，声势越发浩大，继而退守建安。
不久之后，因为内部斗争，吐万绪、鱼俱罗二将均获罪，隋炀帝杨广改派江都郡丞王世充征发淮南兵卒数万进攻刘元进。王世充率军渡江后，刘元进率兵拒战，杀王世充军一千多人。但是，在之后的较量中，王世充挑选精兵掩击，大破刘元进军，这导致后者死伤大半。此后刘元进屡战屡败。最终，刘元进与管崇都被王世充所杀。刘元进部下全部投降，王世充在黄亭涧将他们全部活埋，被活埋而死的有三万多人。
但是，尽管刘元进被消灭了，可是隋朝的问题已经积重难返，此后董道冲、沈法兴、李子通等人乘机起兵，战争不息，直到隋朝灭亡。
