不过随着苏联的解体以及现代反舰技术的进步，海上自卫队认为"八八舰队"的反潜作战任务不再那么急迫，同时该舰队防空能力薄弱的问题开始暴露出来，于是在4艘"金刚"级宙斯盾驱逐舰相继服役后，"八八舰队"在上世纪90年代末又升级为"九十"舰队，即每个护卫队群包括由1艘"金刚"级宙斯盾驱逐舰坐镇指挥的10艘驱逐舰和9架舰载直升机，成为当时各国海军中最为典型、以非航母水面舰艇为主的海上舰艇编队。
当年日本海上自卫队展示战力的经典照片
几经变迁，如今海上自卫队护卫舰队由1艘直升机航母（"日向"级或"出云"级）、5艘通用驱逐舰和两艘宙斯盾驱逐舰组成，通常编为两个"护卫队"，其中一个护卫队辖1艘直升机航母、1艘宙斯盾驱逐舰和2艘通用驱逐舰，称"直升机驱逐舰队"，主司反潜；另一支则辖1艘宙斯盾驱逐舰和3艘通用驱逐舰，称"防空驱逐舰队"，主要负责海基反导和防空。
但防卫省始终觉得海上自卫队的编制无法应对"现有和新出现的威胁"。"海军新闻"网站称，根据防卫省的新计划，海上自卫队在废除护卫舰队编制之后，将所有水面作战舰艇统一纳入以横须贺为司令部的"水上舰队"（暂定名）指挥，并根据舰艇性能重新划分出三个"水上战群"。防卫省宣称，通过将目前的4个护卫队群改为3个水上战群，每个水上战群的舰艇数量将有所增加，可以保证每个水上战群有更多战舰可以有效地轮换任务、训练、维护等。"此外，在紧急情况下，所有三个水上战群将能够同时行动以应对危机"。
日本将建造比"最上"级更大的新型导弹护卫舰
防卫省将所有精锐战舰集中组建"水上舰队"的做法，令人想起二战时期臭名昭著的日本海军联合舰队。考虑到近年日本防卫省不断强化海上自卫队的进攻能力，包括引进美制"战斧"巡航导弹、加速采购新型护卫舰和驱逐舰，同时还在大幅增加防务预算--日本财务省4日公布的2025年度预算中，防卫省的预算申请额增加5874亿日元，为8.5045万亿日元，这也是日本防务预算首次超过8万亿日元，创历史新高--对于日本海上自卫队的这次大规模改组，外界质疑其是为联合舰队"招魂"，也就不奇怪了。
