白莲教最后一次大规模的起义发生在康熙晚期，这是一次规模空前的战斗，波及了南方四省，战斗持续了整整9年，给清朝带来了严重的影响。经过这场战斗，清朝由盛转衰，进入了衰退的阶段。
然而，这场激烈的斗争对白莲教来说并不轻松。它在这次战役后内部崩溃，组织破败，再也无法发动类似规模的起义。像清朝一样，白莲教也开始逐渐衰落。尽管从历史来看，白莲教每次遭受打击后，总能迅速恢复，但到了清朝末期，整个中国已经发生了巨大的变化。
鸦片战争之后，中国进入了一个长期被外国列强侵略的时代。因此，当时的中国人中，涌现出一股强烈的抗外情绪。这时，义和团这样的组织应运而生。部分学者认为，义和团的起源与白莲教有一定联系，尤其是在白莲教逐渐从反对清朝转变为反抗外国侵略的过程中。义和团也曾遭遇过列强联合军队的严厉打击。
