2008年9月，徐飞任上海交通大学党委副书记，并于2012年11月出任上海交通大学副校长。从2013年9月起，其从上海调任到四川成都，先后任西南交通大学校长、党委副书记，在该校工作近7年。2019年徐飞再次返回上海，任上海财经大学委员会委员、常委，上海财经大学常务副校长。
以敢于变革而闻名，曾提出多项创新性教学计划
封面新闻记者注意到，有着战略管理专业背景的徐飞，一直以大胆改革创新的治学思维而闻名，在西南交大任职期间，他曾提出多项创新性教学计划。
徐飞曾坚持不懈地推动"职务科技成果混合所有制"改革，2016年1月，名为《西南交通大学专利管理规定》的"西南交大九条"正式出台，首次从制度上就"权属"分配作出明确规定，点燃了学校科研人员的转化热情，成为在全国具有广泛影响的标志性事件。西南交大的学术竞争力、科技创造力和思想影响力因此明显提升。
2014年，徐飞还以极具前瞻性的思维，开始在西南交大主张实行"数字化战略"，并落实西南交大"三网两平台一数据"建设与应用。他曾在多个场合表示，通过实施数字化战略，将促进大数据与各个学科的高度融合，推动学科交叉和派生新的学科生长点，提升学科的环境竞争力和核心竞争力，全面提升大学的发展能力。
此外，徐飞还十分重视通识教育。他曾亲自在西南交大推动"经典悦读"计划，鼓励学生们多读"经得起时间考验的经典之作"，希望以此培养学生的好奇心、批判性思维和想象力，塑造他们成为有社会担当和健全人格的交大人。
