在领土争端方面，克什米尔地区始终是印巴冲突的核心。该地区战略位置极为重要，它连接着南亚、中亚和西亚，拥有丰富的水资源，对两国的国家安全和经济发展都具有至关重要的意义。多年来，双方在克什米尔地区不断增兵，时常发生交火事件，造成大量人员伤亡和财产损失。此外，锡亚琴冰川地区也存在领土争议，该地区是世界上海拔最高的战场之一，印巴双方在此长期部署军队，恶劣的自然环境和军事对峙给双方都带来了沉重的负担，但出于战略考虑，双方都不愿轻易放弃。
宗教矛盾也是影响印巴关系的重要因素。印度主要信奉印度教，而巴基斯坦以伊斯兰教为国教。宗教信仰的差异在两国的政治、文化和社会生活中都有着深刻的体现，容易引发民众的对立情绪。一些极端宗教势力的存在和活动，更是加剧了这种矛盾，他们通过煽动宗教仇恨、制造暴力事件等方式，破坏两国之间的和平与稳定。在印度，部分印度教民族主义者的激进言行，以及对国内穆斯林群体的歧视性政策，引起了巴基斯坦的强烈不满和抗议；而在巴基斯坦，一些宗教极端组织针对印度的恐怖袭击，也使得印度对巴基斯坦的安全威胁感知不断增强。
地缘政治因素同样不可忽视。在国际政治格局中，印度和巴基斯坦都试图提升自己在南亚地区的影响力和地位。印度凭借其庞大的人口、相对较强的经济实力和军事实力，一直谋求在南亚地区的主导地位；而巴基斯坦为了维护自身的主权独立和国家安全，不得不与印度进行抗衡。此外，外部势力的介入也使得印巴局势更加复杂。美国为了推行其"印太战略"，试图拉拢印度，在军事、经济等方面给予印度一定支持，这在一定程度上增强了印度的底气；而巴基斯坦与中国保持着紧密的战略合作伙伴关系，中巴经济走廊等合作项目的推进，不仅促进了巴基斯坦的经济发展，也提升了其在地区事务中的话语权，但这也引起了印度的猜忌和不满。同时，一些中东国家基于宗教和地缘政治利益，对巴基斯坦表示支持，进一步加剧了印巴之间的阵营对立。
