二、首辅求情
虽然有宦官黄锦的进言，但如果没有朝臣的营救，海瑞也是凶多吉少。就在这个时候，内阁首辅徐阶站了出来！当时，嘉靖帝召见徐阶商议内禅之事，并且提到了海瑞上书之事，他愤愤地说道："朕不自谨惜，致此疾困。使朕能出御便殿，岂受此人诟詈耶？"接着，嘉靖帝又产生了处死海瑞的想法。
史书上虽然没有记载徐阶说了些什么，但正是他的存在，力保海瑞不死。嘉靖帝只是下旨，将海瑞投到诏狱中，"究主使者"。过了一段时间，在徐阶的运作下，海瑞从锦衣卫的诏狱转到了刑部大牢之中。经过一番"审讯"后，有些阁臣主张对海瑞处以极刑，但又被徐阶以及刑部尚书黄光升压了下来。
三、皇帝老了
人们常说，"五十知天命"，此时的嘉靖帝已经六十岁了，他的心态也已经发生了变化。假如海瑞上书这件事发生在二十年前，甚至十年前的话，海瑞必死无疑。因为在那个时候，许多官员都因为进言而死，但他们所说的话不如海瑞直接。嘉靖帝在反复阅读《治安疏》后，居然说出了这样的话，"此人可方比干，第朕非纣耳。"
正所谓，"鸟之将死，其鸣也哀；人之将死，其言也善。"此时的嘉靖帝已经来到了生命中的最后一年，似乎杀心也没有那么重了，在宦官黄锦、首辅徐阶的劝说下，他一直没有做出对海瑞的处理决定。十个月后去了，嘉靖帝撒手人寰。新即位的明穆宗，立即做出决定，释放了包括海瑞在内的所有谏言诸臣。
