有分析人士就指出，对于台当局而言，其"担忧"的无非就三点：第一，M503航线"距离太近"，用岛内某些人的说法，就是大陆军机只要转个弯，几分钟内就可以在松山机场降落了，这样会"影响台军应变的时间"；第二，台军担心解放军军机会伪装成民航客机，或是"藏身民航机下"这样不能及时"判别"；第三，台岛有所谓W6航线接金门，W2和W8航线接马祖，而这些刚好也要和M503航线"交叉"，M503航线的连接线也与W6和W8接近"平行"。
针对台"陆委会"上述所谓"抗议"，需要强调的是，台湾海峡本就没有所谓的"海峡中线"，大陆取消M503航线偏置既符合法律规定，又有航运发展需要，民进党当局所谓抗议完全是无理取闹。
另外，针对台当局所谓"后果自负"的威胁，在1月31日的国台办例行新闻发布会上，国台办发言人陈斌华也是予以了明确回应，直接用3点进行回击。陈斌华指出，首先，M503航线是一条民用航线，所以陆委会的相关说法完全不成立；其次，M503航线在上海飞行情报区内，启用该航线是为了缓解相关空域航路拥堵，保障航空安全；最后，设立和启用这一航线是大陆民航空域管理的一项常规工作，无需与台方协商。
不可否认的是，此次大陆对M503航线调整，就引来台当局的强烈反应。显然，此时的民进党当局早已经成了"惊弓之鸟"，一丁点风吹草动都能让岛内这些"台独"势力破大防。这也再次证明了一件事，那就是祖国终将统一，也必然统一，这一历史大势无人能挡。现在摆在台当局领导人蔡英文、民进党主席赖清德面前的只有一条路可以选择，那就是认清事实，坚持"九二共识"，不要做无谓的抵抗，乖乖的接受祖国统一。
