但NGAD项目的成本长期以来一直是"巨大的绊脚石"。报道称，最近有传言称，由于美国空军正在同时推进成本严重超支的"哨兵"洲际导弹和B-21"突袭者"隐形轰炸机项目，它们是美国"三位一体"核力量的主要支柱，重要性远超NGAD项目。因此对于资金短缺的美国空军而言，NGAD项目可能会受到威胁。在6月举行的美国空军和太空军协会活动上，美国空军参谋长戴维·阿尔文在被问及美空军在预算紧张的情况下是否继续推进NGAD时含糊其词，他仅表示"空军仍在考虑如何实施该计划"。肯德尔在接受《防务新闻》采访时透露，预计NGAD的单价相当于F-35隐形战斗机的3倍。目前F-35的成本约为8000万至1亿美元，这意味着NGAD的单价可能接近3亿美元，成为新一代史上最贵战斗机--此前被称为"史上最贵战斗机"的是F-22，采购单价为1.35亿美元。肯德尔承认，"NGAD是一个非常昂贵的平台，它的成本大约是F-35的3倍，因此我们只能负担得起小规模的机队。"根据美国空军此前规划，未来制空主力将包括200架NGAD、300架改进型F-35战斗机和1000架自主无人僚机。当被问及NGAD的目标成本是多少时，肯德尔表示："理想情况下，我希望将其降到低于F-35的成本，或者至少与F-35的成本差不多。"
前美国空军主管战略、整合和需求的副参谋长克林特·海诺特告诉《防务新闻》，NGAD采用的先进自适应发动机虽然先进，但非常昂贵，可能会推高总体成本。报道称，这种自适应发动机在巡航状态下可以产生与客机使用的高涵道比发动机相同的性能特征，但在作战时可以快速转化为超音速飞行模式，这种革命性的发动机技术是NGAD的核心基础之一，它可大幅提高NGAD的作战半径。但这些能力的代价并不便宜，报道提到，自适应发动机的昂贵成本是美国空军不愿将其安装在F-35战斗机上的原因之一。
