进至永昌(今属甘肃)，再败元太尉朵儿只巴于忽剌罕口，获辎重牛马甚众。然后与冯胜主力会师，败元兵于扫林山(今甘肃酒泉北)，斩首4000余级，擒其太尉锁纳儿加、平章管著等人，军威大振。
六月初三日，逼降元将上都驴，获吏民830余户。师抵亦集乃路(今内蒙古额济纳旗东南)，故元守将伯颜帖木儿举城降，继败元军于别笃山口(地址不详)，获元平章长加奴等270人及马驼牛羊十余万头。元岐王朵儿只班遁去。傅友德率兵追至瓜州(今甘肃安西)、沙州(今甘肃敦煌西北)，又败元军，获金银印、马驼牛羊2万头而还。
东路军于六月二十九日抵达口温(今内蒙古查干诺尔南)，元军闻讯而遁，获牛马辎重无算，经哈剌莽来(今蒙古洪戈尔)至胪朐河。李文忠留部将韩政守辎重，亲率大军轻装急进，在土剌河、阿鲁浑河(即今鄂尔浑河，位于蒙古乌兰巴托西北)一带与元将蛮子哈刺章激战数日，元军败退，获人马以万计，明军亦死伤不少。
李文忠率师追至称海(今蒙古哈腊乌斯湖南，哈腊湖西)，元兵复集拒战，李文忠见元军气势甚锐，乃敛兵据险自固并张疑兵，元军惧有伏兵，不敢逼近，遂引军而去。李文忠班师而还。十月二十四日，西路军冯胜班军回京。十一月，因塞外苦寒，一时难以作战，遂令中路军徐达、东路军李文忠班师。
第二次北征中的三路明军，基本是各自为战，没能按照战前制订的策略配合，因此按所遇对手的强弱，命运各不相同。孤军深入到达北元首都和林一带的中路军和东路军都被北元拼死反击而损失很大。此战，主力中路军战败，东路军得失相当，仅西路军获胜，明军失败的主要原因是轻敌冒进及辽东粮食基地依然在纳哈出手中。
