在太监王振作威作福期间为了培养自己的羽翼，经常会制造一些冤案，想办法将自己人推上去。就有一次，王振的指示通政使李锡逢弹劾于谦。说于谦因为长期未晋升感到不满，擅自推荐人代替自己，不合大臣的体统。于是王振就凭这个莫须有的罪名将于谦入狱。并判了死刑。
于谦入狱后，然而河南、山西的百姓听到了他被判死刑的消息，群情激奋，联名上书请求释放于谦。王振了解自己犯了众怒，于是只能将于谦释放，以降官职论处。
于谦曾巡抚河南、山西时，轻装骑马走遍了所管辖的地区，亲自访问当地的父老，考察当时各项应该兴办或者革新的事，并立即上书。一年上书几次，稍有水旱灾害，马上上报尽快解决当地的民生问题，深受百姓的爱戴。
而于谦之所以能得到百姓的拥护，是因为他为官刚正不阿，亲民护民。
《明史》(卷170)：出按江西，雪冤囚数百。疏奏陕西诸处官校为民害，诏遣御史捕之。帝知谦可大任，会增设各部右侍郎为直省巡抚，乃手书谦名授吏部，超迁兵部右侍郎，巡抚河南、山西。谦至官，轻骑遍历所部，延访父老，察时事所宜兴革，即俱疏言之。一岁凡数上，小有水旱，辄上闻。
其实于谦被杀还有一个非常重要的原因，那就是遭人嫉妒。于谦在国家危难之际力推朱祁钰为帝稳住江山，力挽狂澜。他的"以定社稷功"却遭到其他朝臣的嫉妒。再加上于谦为人清廉从不结党，独来独往。所以也在于谦被杀时，百官几乎没人为他求情。于谦的功劳和权力同样也遭到了石曹二人的嫉妒。所以他们想推朱祁镇继位杀了于谦来提高以后自己的位置。
《明史》：八年，帝将郊，宿斋宫，疾作不能行礼，召亨代。亨受命榻前，见帝病甚，遂与张軏、曹吉祥等谋迎立上皇。上皇既复辟，以亨首功，进爵忠国公。眷顾特异，言无不从。
在于谦眼里，他内心忠于的是明代，是天下，是百姓。只要是与之相悖的事，他都会拼命维护，即便搭上自己的性命。
所以如果于谦不死，第一，他不会阻止朱祁镇继位 因为夺位之事不管怎么样是皇室内部的事，只要不影响天下稳定于谦也不会说什么;第二，于谦为人刚正不阿，面对石槽的不轨行为他定不会坐视不管。再加上当时还是有一些贤臣的，比如李贤等人的联合阻止，石槽之乱可能会被扼杀在摇篮里。
三、朱祁镇并非完全昏庸，"南宫复辟"后他有所政绩
