统一未遂
当初，冉闵僭称王号时，石虎部将李历、张平、高昌等都带领所辖的队伍向慕容儁自称藩属，派遣各自的儿子入慕容儁处侍奉，甚至向建邺投诚，与苻坚结交为奥援，都接受了爵位，控制局势固守。虽然向慕容儁进贡的使者来往不绝，但并未极尽忠诚之礼。吕护逃到野王，派弟弟手捧奏表向慕容儁谢罪，拜为宁南将军、河内太守。另外，上党冯鸯自领太守，依附于张平，张平多次为他说话，慕容儁因为张平的缘故，赦免了冯鸯的罪过，以为京兆太守。吕护和冯鸯暗中与东晋的军队有联系。张平跨踞新兴、雁门、西河、太原、上党、上郡之地，有三百余处防守工事，十余万户胡人和晋人，又授官设置征东、镇西等将军的称号，形成鼎立对峙的局面。慕容儁派司徒慕容评讨伐张平，领军将军慕舆根讨伐冯鸯，司空阳骛讨伐高昌，抚军将军慕容臧攻打李历。并州投降的防御堡垒有一百余处，任命尚书右仆射悦绾为安西将军、兼护匈奴中郎将、并州刺史来安抚他们。张平所任命的征西将军诸葛骧、镇北将军苏象、宁东将军乔庶、镇南将军石贤等人以防御堡垒中的一百三十八处投降了慕容儁，慕容儁非常高兴，让他们都恢复了官职和爵位。不久，张平带领三千士众逃到平阳，冯鸯逃到野王，李历逃到荥阳，高昌逃到邵陵，部众全部投降了慕容儁。
光寿三年(359年)，慕容儁图谋再度侵犯东晋，并企图消灭前秦，就下令各州郡清点检查现有的兵丁，检查核实户口，一律各家各户仅留一成年人，其他全部征发入伍，想使步卒达到一百五十万，希望第二年会合全部兵力，准备进军洛阳，能指挥调度三方力量。武邑人刘贵上书极力劝谏，陈说百姓生活困乏，征兵不合乎法律，恐怕百姓不堪承受，发生土崩瓦解的大祸，并且陈述当时不适合时势的政治事务十三件。慕容俊读完谏书同意刘岂的意见，交付公卿广泛商议。刘贵所言之事多数采用，于是改为五丁抽三制，放宽一周的战备时间，命令他们在第二年冬末全部赶赴邺都集结。
病重托孤
不久，慕容儁病重，对弟弟慕容恪说："我体虚弱，恐怕不行了。人生的长短，是命中注定的，还有什么遣憾呢!只是两方敌寇还未消灭，慕容暐年龄幼小，恐怕无力承受过多的苦难。我想远追宋宣公的后尘，把国家交给你。"慕容恪说："太子虽然年幼，但天性聪慧，必定能遏制凶残的敌人，使天下安定刑法措置不用，不能乱了正统。"慕容儁生气地说："兄弟之间哪里用得着说客气话!"慕容恪说："陛下如果认为我能够承担天下重任，我怎能不辅佐少主呢!"慕容儁说："如果你如周公那样辅政，我还忧虑什么呢!李绩清廉方正忠诚坦荡，能够胜任大事，你要善待他。"
抱撼而逝
光寿四年(360年)正月二十日，慕容儁在邺城对军队进行大检阅，想让大司马慕容恪、司空阳鹜统领军队进犯东晋。恰好这时病情加重，立即召来慕容恪、司空阳鹜、司徒慕容评、领军将军慕舆根等人，接受遗诏辅佐朝政。正月二十一日，慕容儁去世，时年四十二岁，共在位十一年，谥号景昭皇帝，庙号烈祖，葬于龙陵。
