因此永琪的老妈愉妃在后宫中的地位也突然跟着水涨船高，由于永琪病重，乾隆既关心永琪也怜悯愉妃，这一段时间对她也是极为关爱，当时乾隆后宫中除了继后那拉氏之外，就属愉妃地位最高，愉妃当时在后宫中的地位比后来受宠的嘉庆生母令妃魏佳氏还要高一些，这就因为乾隆对永琪的关爱抬高了愉妃的身份地位。
永琪所患的附骨疽病其实是类似于现代的骨结核病，病症主要是在大腿外侧生疮烂洞，在病症发作时患处会产生钻心刺骨的剧烈疼痛，这个病其实在当时也不完全算是绝症，依靠中药也是可以治好的。
但是永琪的病很厉害，重病需要下猛药，而给永琪治病的御医都了解他是乾隆最钟爱的儿子，因此下药十分谨慎，不敢给永琪下猛药，都是抱着不求有功但求无过的心态，所以御医的谨慎反而把永琪的病情给耽误了，中药的药量不够猛其实很难治病，衡量一个中医的好坏就在于这个中医对病症的判断和把握以及药量的用法上。
御医的谨慎保守治疗，使得根本压制不住永琪的病情，即便乾隆册封了永琪为荣亲王，还暗示着他将来能成为太子，这些也都抵不过疾病的无情，乾隆三十一年(1766年)年初，永琪死在了在当时本不算绝症的附骨疽病上，年仅26岁。
乾隆在得知永琪去世后悲痛欲绝，他既心疼儿子去世，也心疼大清失去了一位卓越的继承人，乾隆悲痛之余则对给永琪治病的御医发泄起来，为永琪治病的御医张如璠和宋国瑞被乾隆追责问罪，两人家产全部被抄没充公，两人及其全家都被流放宁古塔永世不得回京，这也是清代历史上对御医惩罚最严厉的一次。
永琪去世去年之后也就是乾隆三十八年(1773年)，乾隆和令妃所生的皇十五子颙琰被秘密册立为继承人，也就是后来的嘉庆皇帝。而嘉庆从各方面来说都与永琪很像，似乎乾隆是在照着永琪去寻找继承人。嘉庆文武双全，而且对父亲乾隆极为孝顺和听话，看一看这不就是永琪的类型嘛，只不过嘉庆各方面都不如永琪，堪称弱化版的永琪，这也是永琪去世后乾隆无可奈何的退而求其次的选择，可以说永琪不死，皇位轮不到嘉庆身上。
这一点从乾隆晚年的态度和对永琪的怀念就能看出来，乾隆越到晚年越发怀念永琪，在晚年时每逢永琪忌日，乾隆都会为他写上一首诗来悼念缅怀这个儿子。
