就这样朱元璋就把替自己挡血光之灾的光荣任务交到了位高权重的李善长身上，免死的丹书铁券可没有规定不能替皇帝挡灾而死，因此朱元璋这一招玩的很绝，李善长手上的免死丹书铁券也就无效了。
于是朱元璋以挡灾避祸为由赐死了77岁的李善长，而按照李善长与胡惟庸密谋不轨的罪名是要祸及其家人，朱元璋只给了李善长免死丹书铁券，免得是李善长和其一子的死罪，李善长其余的家人可不能免死，因此朱元璋毫不留情的把李善长全家七十余口人全部诛杀。
同时朱元璋还兑现了李善长那免死丹书铁券的承诺，赦免了女婿李祺的死罪，朱元璋这一招不得不说玩得很漂亮，没有破坏免死丹书铁券的规则，把李善长及其全家都弄死了，还避免了女儿守寡的悲剧。
就这样李善长全家除了当了朱元璋女婿的儿子李祺没有被杀之外，满门全被诛杀，不过虽然李祺免于一死，但是朱元璋废除了李善长的韩国公爵位，李祺及其后人也不能再世袭李善长的韩国公爵位了。
李善长被赐死的同时还牵扯了不少淮西籍开国功臣，像陆仲亨、赵庸、唐胜宗、费聚等侯爵全都被卷入其中，他们及其全家都被朱元璋所诛杀，这时候胡惟庸案已经彻底被朱元璋扩大化了，总共牵扯进了三万多人，朱元璋为此还亲自撰写了《昭示奸党录》，并在其中把李善长列为首奸。
实际上李善长虽然与胡惟庸关系亲密，他却真未必能参与其中，他除了居功自傲，对朱元璋还算是比较忠心，而且在后世连胡惟庸案都有很多人质疑，到底胡惟庸是不是真想谋逆谋朝篡位，还是朱元璋以此为借口大肆诛戮功臣而已。
在李善长死后当时就有人认为其死的太过于冤屈了，当时还是御史的解缙和虞部郎中王国用就在李善长被赐死后一年上书朱元璋为其鸣冤。
