云南本元支付曾因原业务员挪用客户款，陷入纠纷。云南本元支付与上海志宸计算机科技有限公司的买卖合同纠纷判决书显示，2016年，双方员工签订《购卡协议》购买"本元卡"，合同印有云南本元支付公司字样印章。客户支付购卡款253.8万元，有231.86万元"本元卡"未交付。经查，云南本元支付前员工挪用该笔资金。尽管云南本元支付以公司章为假章，辩称合同无效。法院认定不排除管理混乱，前员工的身份足以让客户认为其为云南本元支付员工，因此认定合同有效。2020年12月，作为被执行人，云南本元支付被认定已将还款义务全部履行完毕，执行人申请结案。
2016年12月，原股东云南省城市建设投资集团有限公司退出，新增新华都实业集团股份有限公司以及深圳市怡亚通投资控股有限公司（下称"怡亚通投资"），其他自然人股东包括公司CEO等目前仍持股。怡亚通投资由怡亚通（002183）董事长周国辉控股，持股比例99%。作为本元支付的大股东，怡亚通投资的出资比例为34%。
2022年上半年，怡亚通两亿出售网络小贷牌照赣州市宇商网络小额贷款有限公司（下称"宇商网络小贷"），买家深圳微米信息服务有限公司（下称"微米信息"）法人曾有盒子科技背景。宇商网络小贷原本是怡亚通全资子公司，股东已于5月20日正式变更为微米信息。据披露，截至2021年末，宇商网络小贷资产总额2.089亿元，负债总额10.68亿元，净资产2.088亿元，营业收入1197万元，净亏损18万元。
目前，怡亚通仍持有深圳市宇商融资租赁有限责任公司、深圳前海宇商保理有限公司、深圳市宇商供应链服务有限公司。深圳市宇商小额贷款有限公司则与云南本元支付相同，均由怡亚通投资公司持有。
云南本元支付因违反支付结算管理规定、未按照规定履行客户身份识别义务，被处以54.5万元罚款；时任副总裁杜红云因未按照规定履行客户身份识别义务，被处2.7万元罚款。
