光和七年（184年），黄巾起义爆发。对于东汉王朝来说，黄巾起义的爆发，无疑加快了其灭亡的进程。彼时，朝廷的大臣都推荐朱儁来平定叛乱，说他有才略。于是，朝廷任命他为右中郎将，持节，与皇甫嵩共同出征。
值得注意的是，朱儁奏请孙坚担任佐军司马。孙坚把他的家眷都留在九江郡寿春县，在淮、泗一带招募了一些士兵，加上跟随他在下邳县当差的同乡少年，共得精兵一千人。此后，孙坚便率领这一千多士兵，随朱儁南征北战。由此，非常明显的是，朱儁曾是孙坚这位名将的上司。正是在朱儁的提携之下，孙坚逐渐在东汉末年崭露头角。
中平二年（185年）春天，在成功平定叛乱后，朝廷任命朱儁为右车骑将军。朱儁率兵回京，被任命为光禄大夫，增加食邑五千户，改封钱塘侯。后来因为母亲丧离职。服毕起家，任将作大匠，转任少府、太仆。
