他当时手下最得宠的大将就是年羹尧，有军功和贵妃妹子的加持，年羹尧在朝堂上向来是横着走。雍正一开始对他也是十分包容，毕竟大部分外乱都要靠着这位将军平定，年羹尧这个人带兵打仗也很有一套，多次以极快的速度平定战乱，是当之无愧的名将。
雍正与他之间的矛盾彻底爆发是因为一件小事，夏天天气十分炎热的时候士兵们也需要在军营中训练，雍正得闲后就想去亲自检阅一下部队的情况，还吩咐随行的人准备了很多解暑的西瓜。到了军营中西瓜很快被分下去，大家看上去都很想吃，于是他说直接吃不必客气，但却没有一个人有动作。等到站在一边的年羹尧点头，大家这才动起来，这让雍正十分生气，从这件事中他感受到了年羹尧似乎连自己都不看在眼里。
而且年家仗着出了一位将军，底下的人欺男霸女横行于世，就连年家的家仆也敢随意动手打人，雍正一天不知要接到多少弹劾文书。但皇帝知道当时不是处理年羹尧最好的时机，因此他表面不动声色，暗地里搜集各种证据，待到时机成熟直接发作将年家一锅端了，无论男女老幼全都被斩首。可惜年羹尧一个颇有天分的将领，本可以享受荣华富贵，却因为自视甚高而祸及全家。
