朱元璋占领南京不久，冯国用病死，廖永安在与张士诚手下悍将吕珍的交战中被俘。说起来朱元璋也有点不厚道，当时张士德就在他的手中，张士诚提出用廖永安交换，但朱元璋宁愿看着廖永安去死也不同意。就有人私底下议论，如果换作是淮西系将领被俘，情况可能会有不同。虽然两人的死，朱元璋都表现出了一副悲痛欲绝的样子，可到底有几分真诚，只朱元璋自己清楚，不过明朝建立后，两位先烈都被追封为公爵，一个封郢国公，一个为郧国公。
廖永忠和冯胜开始都被哥巨大的光环所掩盖，都是在哥死后取代他们的位置，而崭露头角的。
随后，廖永忠征战四方，战功赫，明军水师打到哪，哪就有廖永忠矫健的身影，尤其在鄱阳湖血战以及武汉围攻战中更是有着上好的表现。朱元璋亲笔手书"功超群将，智迈雄师"八个大字，做成牌匾送给廖永忠，以示嘉奖。
在战争年代，廖永忠的表现和忠诚令朱元璋挑不出半点毛病，只是他忠诚得有点过了头，以至好心办了一件连朱元璋都感到不齿的事。朱元璋到安丰救回小明王之时，由于当时应天宫殿正在建造中，加上接一个皇帝到自己的身边也是碍事，所以朱元璋暂时将其安置到滁州。朱元璋恭恭敬敬地对小明王说，等应天宫殿建成，一定迎请他到应天居住。朱元璋经过一系列动作，如自立为吴王等，表示已经摆脱了龙凤政权后，为兑现诺言，就派廖永忠去迎小明王。
不想廖永忠思想太过活跃，过度解读了朱元璋的用意，为了邀功请赏，竟然在半路谋害了小明王，让朱元璋无端背上了弑君杀主的黑锅，落下千古骂名。因此，在洪武三年大封功臣时，作为巢湖水师仅存的一面旗帜，本该封公的廖永忠只给封了个侯爵。朱元璋对此的解释是:"廖永忠在鄱阳湖作战时，忘我抗敌，可谓奇男子。但却派与他要好的儒生窥探朕意，所以封爵时，只封侯而不封为公。"
